巴彦淖尔市乌梁素海生态保护中心设6个内设机构：

　　（一） 综合科。负责日常运转和综合协调，承担机关党建、纪检、政务、事务、文书、档案、保密机要、督查督办等工作；负责机构编制、人力资源、财务、信访、工青妇工作。

　　（二） 项目规划科。承担编制乌梁素海流域的总体治理保 护规划和各类专项规划；组织协调各相关部门争取国家、自治区对乌梁素海关于湿地保护、生态补偿等相关政策及项目申报等工作；承担乌梁素海历史文化的研究建设工作；承担乌梁素海综合治理项目建设的资料收集和建设成果的展示工作。

　　（三） 生态保护科。承担乌梁素海区域生态系统保护、修复工作；协调配合相关部门开展乌梁素海生物多样性和鸟类保护等具体管理工作；协调相关部门开展生态补水工作；配合落实乌梁素海生态补偿制度。

　　（四） 污染防治科。组织协调相关部门开展乌梁素海各类 资源调查和评估工作；协调相关部门开展乌梁素海生态系统环 境质量监测、评估；做好乌梁素海流域污染防治的相关工作。

　　（五） 工程管理科。按照总体治理保护规划和各类专项规 划，指导乌梁素海流域内对乌梁素海生态产生影响的各类建设 项目；组织指导实施乌梁素海流域内各类工程建设项目。

　　（六） 产业发展科。负责组织、指导、协调各相关部门和企业做好乌梁素海各类资源的综合整治、有序开发和科学利用；配合有关部门组织开展乌梁素海各类资源的科学研究，推广应用科研成果。